打撃終了後に間違いが指摘されれば、たとえホームランやヒットを打っていてもアウトとなります。ただし、アウトになるのは「打った選手」ではなく、間違えられた「打っていない選手」です。つまり、６番打者が打つべき打順で誤って７番打者が打ってしまった場合、アウトになるのは６番打者です。そして引き続き７番打者が打席に立つことになります。
バッターボックスに打者が入っただけの状態、もしくは誤った打者の打撃中に間違いが指摘された場合は、そのままの状態で正しい打順の打者と交代します。例えば２ストライク１ボールの状況で間違いを指摘された場合、正しい打順の打者はその状況から打ち始めることになります。
前者の場合ですと本来の打者は「必ずアウト」になるので、守備側のチームはもし打撃途中で相手チームの打順の誤りに気づいても、その打者の打席が終了するまでは黙っておいた方が得策となります。